精确分子量测定
6． 蛋白质样品的质谱定性定量分析，突变位点鉴定，精确分子量测定，甲基化、乙酰化、磷酸化和糖基化等翻译后修饰的鉴定，质谱组织成像，使用仪器包括MALDI-TOF、MALDI-TOF/TOF
TMT同位素标记定量技术
该技术采用2种、6种或10种同位素的标签，特异性标记多肽的氨基基团，经过串联质谱LC-MS/MS分析，可同时比较2组，6组或最多10组不同样品中蛋白质的相对含量。
iTRAQ蛋白质相对定量分析
iTRAQ是美国应用生物系统公司ABI研发的一种多肽体外标记技术，采用4种或8种同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，进行串联质谱分析，可同时比较4种或8种不同样品中蛋白质的相对含量或绝对含量。